灣區(qū)時訊 近日,，豬禽種業(yè)全國重點實驗室、國家生豬種業(yè)工程技術(shù)研究中心,、廣東省農(nóng)業(yè)動物基因組學與分子育種重點實驗室,，華南農(nóng)業(yè)大學動物科學學院李加琪/張哲教授團隊聯(lián)合國內(nèi)外多家合作單位，成功構(gòu)建了豬大規(guī)模復雜性狀遺傳解析數(shù)據(jù)庫PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/),，并于2023年11月13日在國際權(quán)威期刊Nucleic Acids Research（IF=14.9）發(fā)表了題為“PigBiobank: a valuable resource for understanding genetic and biological mechanisms of diverse complex traits in pigs”的研究論文（論文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad1080

精準解析豬復雜性狀對了解動物復雜性狀遺傳調(diào)控機制和提高豬群生產(chǎn)性能意義重大,。然而，當前以豬復雜性狀為核心的綜合性數(shù)據(jù)庫匱乏,，極大地限制了不同領域科學家對豬復雜性狀遺傳機制的深入探索,。為幫助更多領域科學家精準解析豬復雜性狀，作為FarmGTEx國際畜禽動物研究計劃PigGTEx聯(lián)盟的系列工作之一,， PigBiobank收集了來自全球71, 885頭豬的264個復雜性狀全基因組關聯(lián)分析（GWAS）結(jié)果,、PigGTEx項目產(chǎn)生的豬34個組織5類分子數(shù)量基因座（molQTLs）結(jié)果、Ensembl等多種來源的豬多組學數(shù)據(jù)以及UKB等跨物種復雜性狀數(shù)據(jù),，并對這些大數(shù)據(jù)資源進行統(tǒng)一的整合分析和可視化,，進而形成了以豬復雜性狀為核心的綜合性數(shù)據(jù)庫 PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/)。

當前版本的PigBiobank數(shù)據(jù)庫中涵蓋了豬復雜性狀相關的豐富的數(shù)據(jù),，包括：豬264項全基因組關聯(lián)研究（GWAS）的1371288個顯著位點,、豬34個組織5種分子表型的161680個全轉(zhuǎn)錄組關聯(lián)分析（TWAS）顯著位點、40978個孟德爾隨機化（MR）顯著關聯(lián)結(jié)果,、30347個共定位分析（COLOC）顯著關聯(lián)結(jié)果,，以及復雜性狀顯著位點的富集分析和基于統(tǒng)計量的遺傳參數(shù)等。PigBiobank網(wǎng)站提供了包括性狀,、基因,、基因組變異和基因組區(qū)域在內(nèi)的4類查詢?nèi)肟诤陀脩粲押玫牟樵兘缑妫瑫r還提供PheWAS,、Cross-Species comparison等在線分析工具,。作為豬遺傳育種領域重要的公共資源和PigGTEx聯(lián)盟的重要工作之一，PigBiobank將得到持續(xù)的更新，為全球研究者持續(xù)提供豬復雜性狀相關的大數(shù)據(jù)支撐,。

動物科學學院博士生曾浩南,、博士生張文勁、博士生林清及高亞輝副教授為論文第一作者,。動物科學學院張哲教授,、奧胡斯大學房靈昭助理教授、中國農(nóng)業(yè)大學丁向東教授為論文的通訊作者,，我校動物科學學院李加琪教授參與了項目指導,。此外，中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所,、中山大學,、南京農(nóng)業(yè)大學、四川農(nóng)業(yè)大學,、山東農(nóng)業(yè)大學,、廣西大學等國內(nèi)外15家研究機構(gòu)參與了該研究。該研究得到國家自然科學基金（32022078）,、國家重點研發(fā)計劃項目（2022YFF1000900）,、廣東特支計劃畜禽種業(yè)本土創(chuàng)新團隊項目（2019BT02N630）和國家生豬產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系（CARS-35）等項目的資助。

來源：華南農(nóng)業(yè)大學

責任編輯/劉秀